前身为“福建省渔轮修造厂“组建于1956年，1971年被列为国家七五计划项目，重新扩建，成为全国五大渔轮修造基地之一，主要以生产渔船和小型货船为主。1985年开始生产出口西非的冷冻渔轮和1000T货船。自1990年起为适应市场需要，产品逐步走向多样化，涵盖5000吨级以下货船、多用途集装箱货船、渔船、驳船、工程船、旅游船、大马力拖船、油轮、仿古旅游船等，并先后出口日本、新加坡、韩国。随着企业生产经营的扩大，1998年4月经省政府批准，企业更名为“福建省东南造船厂”，隶属福建省船舶工业集团企业。

不久，因福州江滨路改建，工厂迁至马尾，兼并省海洋渔业企业船厂。产品主要出口日本、法国、韩国、新加坡、马来西亚、西非等国家以及中国香港地区、中国台湾地区等地区，是福建省船舶设计建造的骨干企业，获得国家二级企业、省级先进企业等荣誉称号。经福建省企业市场占有率评委会严格评选，在2006年度福建省企业出口市场占有率300强中被评为第54名，行业出口市场占有率50强中被评为第4名